Por disposición de la Santa Sede, se estableció la Diócesis de Tijuana el 24 de enero de 1964, con Mons. Alfredo Galindo como Primer Obispo. La Iglesia de Guadalupe fue designada Catedral de Tijuana.  La erección de la Diócesis de Tijuana resultó en cambios en la Iglesia local. En 1964 el P. Miguel Valdés fue designado Administrador de la Catedral y así pasó la administración de la Iglesia de Guadalupe al clero diocesano por primera vez en 22 años, desde el nombramiento del P. Domingo Martínez, MSpS. como Párroco en mayo de 1942.

Los Misioneros del Espíritu Santo, en reconocimiento a su contribución significativa al desarrollo de la Diócesis, recibieron ad perpetuam la parroquia del Espíritu Santo en Tijuana.

La Catedral de Guadalupe tiene aspecto de un templo construido hace muchos años en la esquina de Calle 2ª. y Niños Héroes. En este año de

2003 viven todavía bastantes personas que conocieron la antigua Iglesia construida por el P. José Rosendo Núñez y dedicada el 12 de diciembre de 1931.  No se sabe si viva alguien que tenga conocimiento del templo de Guadalupe levantado en la misma esquina y dedicado el 12 de diciembre de 1909.  El Museo de Cera ocupa hoy el lugar en donde construyeron de adobe la primera capilla Católica de Tijuana.

 Los años avanzan y muchos testigos ya descansan en paz. Se ofrece este esfuerzo para guardar la memoria de personas y hechos que enlazan para formar la primera Iglesia Católica de Tijuana.